ママもパパも生活の変化で大変ですよね。

お気持ち共感します。
私も産後は夫婦生活も減り、仲は良いですが、夫の臭いとかも気になりました。
子どもが生まれると、女性は女であることよりも母であることに重さを置くような傾向にあるのかなぁと私は感じています。
なので、私は夫の気になる部分も仕方ないかぁと考えつつ生活するにはまったく支障がないのでそのままです。
逆に旦那も、私のことを前と変わったと思っているかもしれません。
仕方ないで済むか済まないかは個人のキャパによると思うのでなんとも言えないけれど、旦那さんが「不潔と感じられている」という理解、つまり、産後の妻の精神状況を分かってくれていないとご自身が辛い立場になると思ういますよ。
話を聞いてくれるご主人であれば、ぜひ、最近の気持ちの変化（旦那さんを不潔と感じるという事以外で）を伝えてみて、今は気持ちが不安定な時期だということを知っておいてもらうことが大切だと思います。
産後は、ママだけでなくパパもストレスを受けやすいです。
生活リズムがパパも変わりますから…もしかして、アトピーが悪化しているのかも？
お互い労わり合えると、良いと思います。

旦那さんと話し合ってみては。

私もアトピーです。アトピーは完治しません。私も今まで良くなったり悪化したりを繰り返してきました。私はストレスがたまると、そんなにかゆくもないのに、掻きむしってしまい悪化するということが多かったです。旦那さんも帰ってくるなり全身を掻き始めるということなので、ストレスがたまっているのではないのかなと思いました。アトピーにストレスは大敵なので、ストレスの原因などを話し合ってみてはどうですか。

子どもは夫婦の宝もの。

私は血液検査を主な仕事としている医療従事者です。
私は医者ではないので、あくまでアドバイスとして、この意見を拝見してください。
まずは旦那さんのアトピーですが、全身をかかれるとありますが、体全身の保湿性成分が極度にたりないと、考えます。
コラーゲンを含む食事を多く摂取され、体質改善を、そして、一度皮膚科、あるいは、アレルギーを専門とする内科系に行って、アレルゲンが何なのか、IgE抗体定量の検査ををお勧めします。
奥様ですが、この文章を拝見すると、初めての出産と考えますが？
出産は女性にとって体の負担が多く、大変ですよね！
出産による一時的なホルモンバランス、ストレス（これからの子育て）によるものの要因が関与している事が推定されます。
もし近くに（婦人科）、あるいは保健婦さんに相談してみると意外と気持ちがやわらぐこともありますよ！

ゆったり構えてみて。

私にも同じ経験があります。
良い夫、良いパパなのに欠点がやたらに目につくように。
うちの夫の場合は、頭皮の皮膚炎によるフケ症で、同じようにパラパラと部屋に落とされるのがとても嫌でした。
子どもという特別な存在が出来ると、それまで１番近かった存在に対し違った気持ちになるのは「あり得る」出来事です。自分だけではないので焦らないで。
子育てという未知の領域も加わり、余裕がなくなっていたり、ホルモンの関係で精神的な変化もあるもの。
私の場合は徐々に落ち着いてきました。時間薬も有効ですよ。
愛おしい存在を前に、気付かない部分で周囲に気持ちが「カリカリ」してしまうのも産後にはあるようです。
ゆったり、ゆったり、です。

夫婦生活を再開するのが一番良いと思います。

ぽんすけさんも旦那さんも、育児疲れが溜まっているのかなと思いました。夫婦生活を再開するのが一番良いと思います。
「育児で疲れているのに面倒臭い」「産後だから無理したくない」「そういう気分になれない」「自然にやりたくなったらするもの」などと考えてしまうかも知れませんが、ひと頑張りしてやってみて下さい。
セックスしたほうが、体がすっきりしてかえって疲労が回復すると思います。性はすなわち生と言うか、しないよりしたほうが人生楽しいですしね。
配偶者とはこれから先何十年も、何回もセックスをして一緒に生活していく訳ですから、マンネリ化しないように工夫したり、お互いの体の長所短所を受け入れ、相手のために自分自身の体も思いやらないといけません。
二人で楽しいセックスが出来る、楽しく出来るように二人で工夫する過程のなかで、旦那さんは自分のアトピーにどう対処して生活していけば良いのか考えていけると良いと思いますし、ぽんすけさんが旦那さんを見る気持ちも良い方向へ向かうと良いと思うので、変な話で申し訳ありませんが、とりあえずセックスして下さい。なるべくお互い楽しくできるよう、いろいろ考えて工夫して下さいね。